肛窦炎大部分会出现肛门部不适以及下坠感，偶有刺痛，排便时因为局部刺激而有灼痛感。肛窦炎在指诊和肛门镜检查下诊断不难。肛门指诊可会触及肛门部紧缩，在齿线附近可摸到稍硬的隆起和凹陷，有压痛，或摸到发硬的肥大肛乳头。用肛门镜检查可发现病变的肛隐窝充血或色泽发白，粘膜触之容易出血。如用探针探查发炎的肛隐窝，探针可顺利探入其内。