目前尚无特异性治疗方法，主要是针对自主神经障碍和帕金森综合征进行对症治疗，但是不同的分型进展和预后也是不同的。从首发自主神经系统功能障碍进展到合并运动障碍，即出现锥体系、锥体外系和小脑性运动障碍的平均时间为两年，从发病到需要协助行走、轮椅、卧床不起和死亡的平均间隔时间，各自为三年、五年、八年和九年。
研究显示多系统萎缩对自主神经系统的损害越重，对黑质纹状体系统的损害越轻，患者的预后越差。大多数患者还是死于并发症，卧床后通常也就一年的生存期，因此改善患者的运动功能，改善植物神经功能，一定能延缓死亡。中医中药治疗多系统萎缩可以有效地控制体位性低血压和震颤等症状，延缓病情的发展。