由于肛瘘手术的创面相对会比较大，术后容易引起感觉性肛门失禁。大多数患者在术后半年的时间内，可能会出现控制大便的能力下降或者是肛门部位经常有分泌物流出。如果肛瘘手术损伤过多的肛提肌以及肛门括约肌，对于男性的勃起功能也会造成一定的影响。这个需要后期经常性提肛运动以及慢跑来改善。但是对于低位单纯性肛瘘，只要是术后没有出现感染，一般不会有后遗症的。