肛周脓肿的治疗是以手术为主的综合治疗，并且在手术以后也应该注意定期进行换药。常用的药物有碘伏，主要适用于消毒，而在彻底的清除创面的分泌物之后，应该应用凡士林纱布或者配合云南白药进行外敷，有局部消肿、止痛和消炎的作用。
可以在创面应用痔疮膏剂，常用的有马应龙痔疮膏，能够缓解创面的炎症反应以及疼痛的表现；可以在创面外涂红霉素软膏直接作用于创面，局部消炎。同时也应该进行静脉抗感染治疗，注意肛周的卫生，坚持每次排便之后及时进行清洗和坐浴。
如果条件允许，坚持每天睡前应用温盐水坐浴，可以明显的改善创面污染的症状。