关节疼痛的主要原因不仅仅是缺钙，缺钙是关节疼痛原因的一部分。以膝关节疼痛为例，髌骨的原因最常见，可以见于髌骨半脱位或者脱位、髌骨关节综合征、膝关节软骨骨折、髌骨关节骨性关节炎、高位髌骨。涉及到关节，可以有骨性关节炎、炎症性关节炎、化脓性关节炎，以及关节积血的原因导致的疼痛，例如前交叉韧带损伤、内侧副韧带损伤、半月板撕裂、关节囊损伤、胫骨平台骨折等，也可以由于滑液囊的原因导致疼痛，例如髌前滑囊炎、鹅足滑囊炎、贝克囊肿、髌下滑囊炎。
除此之外，还有韧带的原因，例如内侧副韧带、外侧副韧带损伤，可分为Ⅰ-Ⅲ度，前后交叉韧带的损伤，髂胫束摩擦综合征，弹响膝，以及半月板撕裂的原因，可以由于创伤性、退行性的改变出现半月板撕裂，引起关节疼痛。另外，还有些牵涉痛，例如转子间的滑囊炎、髋关节炎、股骨的炎症和腰骶丛神经根的原因，都可能导致关节疼痛。