会厌囊肿手术摘除的最佳时机，跟囊肿的大小、临床症状有关。一旦发现，建议尽早手术治疗，行全麻下支撑喉镜下会厌囊肿切除术，手术主要是切除会厌囊肿囊壁。
会厌囊肿一旦形成则不会消失，会越长越大，刺激舌根引起咽部异物感，进食后总觉得仍有食物没有咽下去，甚至严重的时候出现喉部梗阻感，巨大的会厌囊肿会引起呼吸困难。
会厌囊肿多由于炎症刺激引起，黏膜下腺管阻塞、腺管扩张形成黏液囊肿。喉镜检查的时候，会厌囊肿多呈半球形，表面光滑，内有淡黄色、乳白色、褐色液体。