胎儿在胚胎发育的前十二周，如果受到某些因素的影响，会导致面部各胚突出现融合障碍，导致出生后出现唇腭裂。该病因尚不完全明确，但一些研究显示，唇腭裂属于多基因遗传性疾病，具有遗传倾向。
1、孕妇怀孕期间缺乏维生素A、B2以及叶酸时，也可以导致面部先天性唇腭裂。
2、该病还常与母体怀孕初期的感染与创伤有关，特别是罹患病毒性感染的疾病时可影响胚胎发育。
3、孕妇如果怀孕期间服用了甲氨蝶呤、苯妥英钠等药物，或是接受X线辐射，可以导致出现唇腭裂。
4、面部唇腭裂还可以受到内分泌因素的影响，例如体内肾上腺皮质激素分泌增加。
5、孕妇怀孕初期如果大量的吸烟与酗酒，孩子可以出现唇腭裂的几率会比较高。