骨囊肿的形成目前临床上尚无确切的病因，可能与以下因素有关：
1、先天性胚胎发育的因素，胚胎时期由于具有分泌功能的滑膜细胞进入骨髓腔，导致滑液聚集形成骨囊肿。
2、静脉血管因素，骨髓腔内内的静脉阻滞回流障碍，随着骨髓腔内压力的不断增高，液体潴留、骨质吸收逐渐形成骨囊肿。
3、外伤因素，由于局部外伤出血，瘀血不断机化、纤维化，骨髓腔内的骨质吸收，逐渐形成骨囊肿。少数也有可能与局部的炎症因素有关，骨囊肿属于骨骼以及周围组织的良性占位性病变，好发于儿童、青少年时期，多见于长骨的骨骺端，后期容易导致病理性骨折或者畸形。