先天性心脏病有明显的遗传倾向，不少单基因或多基因遗传性疾病伴有心血管畸形。患先天性心脏病的原因很多，母亲妊娠早期患病毒感染性疾病、宫内缺氧、服用至畸药物，或母亲患有糖尿病、红斑狼疮，饮酒，受到放射线辐射等，均可导致胎儿心脏血管畸形。而遗传因素仅约占8％。虽然遗传因素在先心病中占比不大，但下一代的患病几率会比正常人高。