小肠瘘的确诊首先必须有相关的病史，比如小肠的长期慢性炎症，特异性的或者非特异性的。另外有腹部的手术病史，同时病人的腹部切口或者腹腔引流管有肠液引流出来；另外病人有腹腔感染的表现，比如腹痛、发热等。消化道的造影是确诊最主要的依据。