具体生存时间和每个人体质及疾病发展程度有关。早期胃间质瘤如可以手术存活时间长，有些人会治愈。如果疾病到了晚期，肿瘤较大，出现肝脏转移等情况预后不好，这类患者根据基因检测情况可服用伊马替尼，舒尼替尼等药物，如药物治疗有效生存期较长，少数患者可达到3-5年甚至更长时间。如药物治疗无效，可参加临床试验，但一般预后不好。