肛周脓肿最有效的治疗办法，是选择手术切开引流，根据具体发生部位的不同，手术时间也有差异。对于单纯的肛周脓肿皮下型，手术的时间在10-20分钟之间。
对于深部的脓肿，骨盆直肠脓肿或者直肠后间隙的脓肿，位置比较深，在手术当中需要详细进行探查，必要时还需要确切找到内口，进行挂线疗法。所以，手术的时间比较长，大概半小时到1小时左右。
在手术当中应该注意避免出现肛周括约肌的损伤，以免出现手术以后排便功能的障碍。另外，在手术以后也应该注意换药，主要是预防残腔形成，每次换药的时候，应该应用抗菌素纱布进行局部填塞，预防术后肛瘘的形成。