桥本氏甲状腺炎，主要是由于甲状腺组织受到自身免疫抗体的攻击导致，自身免疫的抗体主要来源于病毒性感染。
这些病毒性感冒或者其他一些因素触发自身免疫紊乱，特征性指标包括甲状腺过氧化物酶抗体，即TPOAB，和甲状腺球蛋白抗体，即TGAb的升高。
这两个指标都是来自于甲状腺细胞内部的重要蛋白，它的破坏和出现证明甲状腺细胞受到持续破坏。
桥本氏甲状腺，也有TSH随着甲状腺的细胞的不断的破坏会逐步的增高，但TSH升高的时间有可能会出现在病程的5-10年，甚至超过20年。
一些少见的桥本氏甲状腺病人，可能会引起比较强烈的甲状腺的破坏，在桥本氏甲状腺病的早期会出现T3、T4增高，这时候就要注意在这个时候甲状腺的破坏比较强烈。
造成甲亢症状。还有少部分的甲状腺炎表现为甲亢，这部分人TRAB也会增高，这是桥本氏甲状腺炎的一种。