四联疗法大多数患者没有什么不舒服，但有些患者也会出现一些不良反应，这取决于所选择药物，如甲硝唑会出现恶心、呕吐等反应；克拉霉素比较苦，嘴里可能会有异味；呋喃唑酮、四环素可能对肝肾功能有一定影响；枸橼酸铋钾会引起大便发灰色，如果是枸橼酸铋钾颗粒会使舌染成黑色，口中有金属味道；应用阿莫西林有些患者会出现过敏症状。