非淋菌性尿道炎的治疗，如果谈到吃什么药，最好能先做细菌培养加药敏试验。取尿道分泌物化验，可以根据药敏试验上面的检测结果，进行用药的指导。
衣原体和支原体感染，可以选择口服阿奇霉素、强力霉素、美满霉素、环丙沙星等都可以，或者盐酸多西环素静脉输液治疗。
在选对药物的时候，要注意足够的疗程，因为如果治疗的疗程不足，会导致非淋菌性尿道炎迁延反复，从而形成慢性的改变，进而引发泌尿系统的逆行感染或其他部位的感染，到时候治疗起来可能会比较麻烦。一般像美满霉素、强力霉素，至少治疗两周以上。