巧囊(即卵巢巧克力囊肿)手术后卵巢能否恢复到正常，要看手术过程中对卵巢的损伤大小。如果囊肿对于卵巢组织破坏比较大，剩余卵巢组织比较小，就不能够恢复到正常的功能。如果囊肿比较小，对于卵巢损伤的也比较小，一般对于卵巢的功能没有太大影响，可以恢复到正常。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是由于异位内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，直径多在5cm左右，大至10-20cm，典型情况下，陈旧性血液聚积在囊内形成咖啡色黏稠液体，似巧克力样，俗称巧克力囊肿。对于巧克力囊肿的治疗，可以选择手术治疗，但是手术过程中肯定会对卵巢造成影响。在术后如果对卵巢功能影响比较大，出现了激素水平降低的表现，可以适当通过激素补充来缓解症状，这个就应该根据具体的情况来治疗。