肝囊肿的治疗应该根据囊肿的大小、性质以及有无并发症而定，直径5cm并出现压迫症状者，可以在超声引导下进行穿刺抽液，以缓解压迫症状，但抽液后不久，囊肿又会增大，需反复的抽液，此法操作简便，不需要剖腹，对不能耐受手术的巨大肝囊肿患者是一种可行的治疗办法。囊肿有感染时，易行外引流术。当有并发症，如果出现囊肿破裂，囊蒂扭转，囊内出血或者囊肿巨大压迫邻近器官，而影响到进食的患者需要进行外科手术切除治疗。手术治疗应该尽可能的完全切除囊肿，如果不能全切，也至少要次全切或者至少切除1/3的囊壁，使脓液引流入腹腔。如果胆汁进入囊腔，后一种手术则不适用，可采取囊肿空肠吻合术，术中应该通过造影来确定有没有交通，如果囊肿多房性，引流前应该尽可能的除去其分隔。