扁桃体肥大可以影响吞咽、呼吸功能，有时会出现说话含糊不清，儿童扁桃体肥大，大多伴有腺样体肥大，出现睡眠打鼾、张口呼吸。儿童扁桃体肥大可导致鼻咽部炎性分泌物积聚，刺激腺样体增生肥大，堵塞咽鼓管咽口，引起听力减退和耳蒙。成人扁桃体炎肥大可以造成咽腔的狭窄，气流进入气道内的阻力增大，导致睡眠时出现呼吸暂停。此外，扁桃体表面容易滞留细菌和病毒，如果扁桃体炎反复发作形成慢性扁桃体炎，可以产生多种并发症，如风湿性心脏病、风湿热、心脏病、肾炎等，成为全身感染的病灶。