发病原因并不十分明了，可能和性刺激、睾丸附睾的慢性感染或者输送精子的管道部分梗阻有关系，还可能与局部损伤或者性传播疾病感染有关。有人提出附睾头部的附睾管屈曲、转向或形成憩室，随时间的推移和精子不断的堆积，憩室小管不断的增大，形成精液的囊肿。当附睾因炎症或损伤而阻塞形成瘢痕的时候，也可以产生精液囊肿。