腱鞘囊肿的治疗根据每个人的要求不同，可以选择两种方案，第一种方案是损伤最小的治疗方案，第二种方案是复发几率最小的方案。
第一种损伤最小的方案一般是使用曲安奈德做局部的注射治疗，首先腱鞘囊肿应较大，然后使用注射器将囊肿之内的囊液完全抽取干净，并且注入曲安奈德。其次，如果腱鞘囊肿比较大，可以由有经验的医生用手法将腱鞘囊肿挤破，并且适当的加压包扎，但这两种方法复发的几率相对较高，虽然损伤非常小。
第二种方法是复发机率相对较低的方法，就是手术治疗，在手术直视下将腱鞘囊肿彻底切除，必要的时候可以切除部分腱鞘，最好是完整的切除囊肿，这样复发几率就相对比较低。