如果是小结石，可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出。大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但必须防止坠入呼吸道，因为扁桃体的位置是呼吸道和食道共同的通道，是一个门户，如果操作不慎，正好随着呼吸，吸到肺里，产生气管异物或者喉异物，会引起严重危及生命的并发症。如果是结石刺激周围的炎症，可以局部治疗。如果没有合并其它全身性的症状，比如发热、急性中毒症状，可以用漱喉的方式进行，强大的漱喉水可以消除扁桃体结石引起的口臭、消除异味、减少细菌滋生，这是扁桃体结石的主要治疗方式；如果扁桃体结石太大，隐窝很深，占的面积很大，可以把扁桃体连带结石一起切下来。扁桃体的结石可以长期漱口，保持口腔清洁，戒除烟酒或者把急性炎症及时控制、喝茶，这些都可以预防扁桃体结石的形成。