治疗肝囊肿的药物可以用消囊丸，其是由红参须、炮山甲、广姜黄等制成的中成药片剂，具有补气培本、化瘀胶囊、软坚散结的功效。临床上肝囊肿有很多种，主要分为寄生虫性肝囊肿和非寄生虫性肝囊肿，而非寄生虫性肝囊肿又分先天性、创伤性、炎症性、肿瘤性。
消囊丸可以对炎症性肝囊肿起到一定的作用，但是对其他类型的肝囊肿疗效不佳。目前肝囊肿大多数是先天性肝囊肿，如果直径较小时没有临床症状，一般不需要进行治疗，只有当直径较大或者产生临床症状时才可以考虑进行治疗，也可以考虑进行手术治疗。