子宫内膜增生症的主要病因是长期无孕激素拮抗的雌激素刺激，就会导致子宫内膜增生。基础病因包括育龄期妇女长期无排卵，或者稀发排卵，比如临床上比较常见的多囊卵巢综合征、排卵障碍性异常子宫出血。长期外源性雌激素的摄入，比如口服避孕药、绝经后雌激素补充治疗，也会导致子宫内膜增生。
还有乳腺癌术后接受长期他莫昔芬治疗，也会出现子宫内膜增生。还有肥胖，由于来源于外周脂肪细胞的雌激素过多，也会出现子宫内膜增生。年龄和初潮过早、绝经晚、不孕，也都可以导致子宫内膜增生。