病毒性脑炎的治疗主要是给予抗病毒治疗，常用的有阿昔洛韦或更昔洛韦，静脉点滴使用2-3周后改为口服。同时，由于病毒性脑炎患者常会有颅内压高的表现，因此常使用甘露醇等脱水、降颅压药物。
另外，也可以预防性使用抗生素，选用通过血脑屏障比较好的，如头孢曲松类抗生素。病毒性脑炎的预后因病毒不同而有所不同，非特异性病毒经过治疗后多能完全恢复，不留任何后遗症状，还有极个别的病毒性脑炎是自限性疾病。
但也有的病毒性脑炎会留有明显后遗症，如精神行为障碍，常见的是单纯疱疹性病毒的预后相对会差。