当女性患有卵巢囊肿而发现了怀孕，这种情况要进行全面的评估。具体如下：
第一、卵巢囊肿分为不同的种类，临床比较常见的卵巢囊肿是卵巢生理性囊肿。卵巢生理性囊肿一般发生在月经的后半期，与卵巢分泌的激素水平波动有关，这样的囊肿是不影响怀孕的，大多数会自行消失。
第二、另外一种卵巢囊肿是卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿。卵巢子宫内膜异位囊肿如果小于5cm，这种情况如果没有明显的临床症状，同时不合并有恶性的可能性，是不影响怀孕的。在怀孕中间要定期的观察卵巢囊肿生长的情况，避免发生卵巢囊肿破裂。如果卵巢囊肿大于5cm，发生破裂的可能性就相对较大了。因此如果一旦发现怀孕，要进行全面的评估。
第三、判断卵巢囊肿是否有恶性的可能，如果发现怀孕之后卵巢囊肿不能明确性质，这种情况要充分的评估卵巢囊肿的情况，结合肿瘤标志物、超声检查的结果来进行判断。