病毒性脑炎在临床实践中，很多患者治疗不及时或病毒毒性较大，容易形成一定的后遗症。病毒性脑炎的后遗症主要体现在对患者肢体的影响上，患者可能表现为偏瘫、偏身感觉障碍或癫痫，有的患者可能出现共济失调、视神经萎缩、视力模糊，严重者会导致死亡。
早期诊断和早期治疗可降低病毒性脑炎的死亡率，病毒性脑炎的治疗主要是抗病毒治疗，可以通过使用阿昔洛韦等抗病毒药物进行，其余是免疫治疗，可以使用干扰素对症治疗。