前列腺囊肿有先天性和后天性之分，较小而无症状的囊肿可以不必治疗。
较大的囊肿或者有症状的小囊肿，可以进行手术治疗，经膀胱、膀胱外、会阴、直肠等多种方式，可以进行手术。另外也可以经过电切或者腹腔镜，出血少、创伤小、不造瘘、手术时间短、显露清楚。但是对于年轻患者要慎重手术，因为如果损伤神经、精阜，以及射精管，对性功能或者生育会有很重要的影响。
穿刺抽吸治疗方法比较简单，但是容易复发，因此抽吸完了以后应该对囊肿注入硬化剂，防止复发，有时一次可能不能完全消除囊肿，需要两次或者数次才能够达到满意的效果。