肠胃炎的儿童用药方面，主要是对症治疗为主。
如果出现发热症状，体温>38.5℃时，给予退热药如布洛芬、对乙酰氨基酚口服溶液退热治疗，腹泻患儿服用洛酸梭菌颗粒或者蒙脱石散，不仅可以止泻，还能调节肠道菌群。
伴有轻度脱水时，可以口服补液盐补充体位水分和电解质，合并有感冒症状，同时给予，如回春散、安儿宁、柴黄颗粒等，治疗儿童感冒的药物。
儿童胃肠炎大部分是由于消化不良引发的，如脂肪、蛋白质及碳水化合物等食物消化不良所致，其治疗原则是预防治疗脱水，停止不易消化的食物，合理用药。