幽门螺杆菌三联疗法指的是一种铋剂加两种抗生素，或一种质子泵抑制剂加两种抗生素，以上两种方案中任何一种都称为三联疗法，通常疗程为7-14天。三联疗法中常用的抗生素包括阿莫西林胶囊、克拉霉素片、甲硝唑片、盐酸左氧氟沙星片等，常用的质子泵抑制剂包括奥美拉唑肠溶胶囊、泮托拉唑钠肠溶片、兰索拉唑片、雷贝拉唑钠肠溶片、埃索美拉唑镁肠溶片等，常用的铋剂有枸橼酸铋钾胶囊、胶体果胶铋胶囊等。停药一个月后需复检幽门螺杆菌，若效果不好，幽门螺杆菌仍然是阳性或临床症状不能缓解，需改为四联抗菌治疗，即一种质子泵抑制剂加一种铋剂加两种抗生素的方案。
在抗幽门螺杆菌治疗期间，患者要避免摄入辛辣刺激性食物，如生姜、葱、蒜、辣椒、胡椒等，也不要吃的过甜、过咸及吃过多海鲜、生冷食物，以免损伤胃黏膜，不利于治疗的恢复，尽量清淡饮食，多吃保护胃肠黏膜的米粥、面汤、发面馒头、面包，还有新鲜水果和蔬菜等。