舌下囊肿通常选择手术治疗，将囊肿以及腺体一同切除，可有效缓解患者症状。医生会根据患者的病情选择不同的治疗方式，也可选择非手术治疗。
一、一般治疗
患者在患病期间要注意个人的口腔卫生，避免舌头与牙齿受到强烈的刺激和损害，从而有利于疾病的康复。
二、药物治疗
药物注射治疗一般需要的药物包括碘酊、利多卡因、鱼肝油酸钠、四环素或地塞米松。消毒后通过利多卡因局部麻醉舌神经，将鱼肝油酸钠、四环素或地塞米松注射入囊肿内，从而使囊肿变性、萎缩或坏死。
三、手术治疗
1、囊肿、舌下腺切除术：临床常用的手术方案，能够完全切除囊肿及舌下腺，不易复发。
2、袋形缝合术：适用于不能手术或年龄小的患者，但该方法容易复发，对于年龄小的患者，一般建议在4~7岁进行舌下腺切除。
四、物理治疗
舌下囊肿的治疗可以选择激光治疗，激光治疗的优点在于可以彻底摘除囊肿及舌下腺，在激光治疗后要进行2周的抗炎治疗。