尖锐湿疣不是必须要手术治疗，也可以选择药物治疗或者物理治疗。当皮损只发生在小范围时，也可能不需要手术。如果尖锐湿疣分布广泛，药物及冷冻等治疗无法去除皮损，则可以选择手术切除。手术的成功与尖锐湿疣的数量有关，当数目较少，且体积较小时，手术的成功率更高，需要额外治疗的可能性也更小，不过手术后也需要继续药物治疗。
另外，手术也可能增加尖锐湿疣扩散的概率，因此患者在手术前，应当充分和医生探讨可能的收益和风险，做出最佳选择。尖锐湿疣也通常会选择物理治疗，起到直接破坏的作用，清除皮损。