亚急性甲状腺炎的治疗有以下几点：
第一、非常重要，由于身体抵抗力降低，引起病毒乘机而入。要想治疗好亚急性甲状腺炎，最主要就是好好休息，休息不仅仅指不上班，而且应该卧床休息，完全得到更好的抵抗力恢复，有利于对抗疾病。
第二、对症治疗，比如发热，可以适当多饮水、物理降温或者吃解热镇痛药。症状非常严重，比如有严重的发热，体温到了39℃或者38.5℃以上，甚至颈部疼痛非常剧烈，就需要在医生指导下选择特殊的药物，也就是要使用糖皮质激素。糖皮质激素抗炎、帮助减轻症状，使用了糖皮质激素，在医生的指导下使用合适的剂量，根据疗效来进行适当的调整。使用糖皮质激素以后，会产生神奇的效果，也就是用的当天所有的症状，包括发热、颈部的疼痛能够完全缓解。但是这时候不要认为疾病完全好了，因为医生会嘱咐不要自行停药或减药，医生会建议两周或者一个月进行定期复查，包括检查颈部包块的情况、血液甲状腺激素的测定，或者血沉的测定。根据检查的结果和临床症状改善的情况，医生及时调药、减药以及停药。
亚急性甲状腺炎很少引起终身性的甲减，但是如果减药过快或者以后不注意休息，可能会出现复发。