多囊肾早期不需治疗，尽量避免泌尿系感染即可。多囊肾后期可以出现肾功能异常，如患者一般状况较好，无明显的憋喘及电解质代谢紊乱，可以口服保肾药物治疗，最常用的保肾药物有百令胶囊、肾复康、海昆肾喜胶囊、药用炭、碳酸氢钠、复方α-酮酸或者促红细胞生成素等。同时，患者可以通过口服中成药物，及进行保留灌肠等排除肠道毒素，降低体内毒素水平。如患者出现明显的电解质代谢紊乱，肌酐已经到达尿毒症期，心包积液量较大，建议进行肾脏替代治疗，可以通过血液透析、血液滤过、腹膜透析、血液透析滤过及肾移植治疗。