肾囊肿手术可能会给肾脏带来一定损伤，在短期内可能会影响肾功能，但随着创面愈合及伤口恢复，肾功能会逐渐恢复，一般不会影响正常的肾功能。如果肾囊肿较小，在10公分以下，那么一般不会对肾脏造成明显的伤害，其出现的并发症也会较少，若肾囊肿大于10公分，那么可能会对肾脏造成明显损伤。因此一旦发现肾囊肿，并且其持续增大，应及时进行手术治疗，以免耽误病情。