对于新型冠状病毒肺炎的重症患者，全身主要部位的小血管可见内皮细胞脱落，存在内膜炎症，可见血管内混合血栓形成，有栓塞及相应部位的梗死，主要脏器、微血管可见透明血栓形成，所以新型冠状病毒肺炎会导致凝血功能障碍。
新型冠状病毒肺炎的重症患者会在一周之后出现呼吸困难、低氧血症，严重者会快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒、出凝血功能障碍，以及多器官功能衰竭，极少数患者还会有中枢神经系统受累、肢端缺血性坏死的表现。值得注意的是，重症和危重症患者在病程当中可能只有中低热，甚至于无明显的发热。