药物流产的伤害小，还是无痛人工流产的伤害小，都是相对而言的，需要根据患者的具体情况来分析。如果患者怀孕是在49天之内没有药物流产的禁忌，选择药物流产伤害最小。因为药物流产只需要使用米非司酮和米索前列醇等药物，就达到流产的目的，不需要进行宫腔的操作，所以对患者子宫内膜损伤是比较小，而且不容易出现大出血，或者是感染等一些并发症，同时药物流产的花费也很少。如果患者怀孕49天之内，但是有药物流产的禁忌，服用药物之后，可能会出现严重的并发症，或者是患者怀孕超过49天，这种情况下，孕囊和蜕膜都比较大，也比较多，药流失败的几率比较高，需要清宫进行补救的情况下，做无痛的人流伤害相对是小的。