卵圆孔未闭绝大多数是先天性的。在胎儿出生后，相当多的一部分儿童可能出现卵圆孔未闭，随着胎儿的逐渐成长，其中大部分可以发生闭合，少部分终生遗留有卵圆孔未闭。而长期卵圆孔未闭的患者，可能因为左右心血液的流通导致反常栓塞，或者是较严重的偏头痛等症状，需要对未闭的卵圆孔进行封堵。另外也有一部分患者做了房间隔穿刺，如房颤手术等，可能会遗留有卵圆孔未闭，这种就是手术操作相关性的卵圆孔未闭。