1、病原学检查：以明确能否从粪便(或痰液)中检査出隐孢子虫卵囊。目前常用的标本涂片染色法有吉姆萨染色，改良抗酸染色，沙黄-亚甲蓝染色和荧光素染色等。
2、免疫学检查：由于粪检卵囊存在特征不够明显，检出率低等缺点，已陆续开展免疫学诊断方法。
（1）粪便标本中卵囊抗原：主要包括IFA法、ELISA法、免疫印迹试验，以对粪便标准中是否存在卵囊进行检测。
（2）血清特异性抗体：可检出隐孢子虫患者血清特异性lgG、lgM、gA型抗体。
（3）分子生物学检查：随着分子生物学技术的迅速发展，对隐孢子虫的检测手段日益完善。以聚合酶链反应为代表的检测技术既快速又准确，不仅可检测临床标本，检查出症状轻微的患者及无症状的带虫者，且能区分病原体的虫种和其因型，其中尤以细胞培养PCR和实时PCR敏感性最高，最少能检出1个隐孢子虫卵囊。此外，免疫磁性分离PCR、反转录PCR，最大可能数PCR以及核酸序列依赖的扩增技术还可检测卵囊的活性。