脑炎根据不同的致病微生物可以分为病毒性、细菌性、结核性的和真菌性的脑炎，一般的病毒性脑炎经过治疗以后可以完全痊愈，不留有任何后遗症状。但有些重症的病毒性脑炎，还有细菌性脑炎治疗上就比较困难，可能会有后遗症状。
而结核性脑炎和真菌性脑炎治疗上就更加困难，治愈性比较低。还有一类脑炎是免疫系统异常引起的自身抗体性脑炎，叫自免脑，这类患者常常表现为抽搐和精神异常。一般使用大剂量激素或者丙种球蛋白治疗，可以完全恢复。这类患者有部分会合并有肿瘤，切除肿瘤也可以对自免脑有很好的疗效。