卵巢囊肿手术需要的时间长短因人而异，因为每个女性在手术过程中的意外情况及手术方式不同，手术需要花费的时间就会有很大差异，比如女性只是普通的卵巢囊肿，需要行腹腔镜微创手术，手术时间通常在一小时以内。
但如果女性是因为卵巢巧克力囊肿破裂而需要进行手术，通常都是行开腹手术进行抢救治疗，可能手术花费的时间在两小时以上。而且在手术以后为了避免巧克力囊肿复发，可能建议患者专门肌注亮丙瑞林或曲普瑞林治疗。