由于单纯性肾囊肿发病原因和机制尚不明确，因此缺乏有效的方法预防疾病的发生发展，可通过健康的饮食习惯和生活习惯来避免已有的囊肿破裂。
尚无有效方法预防单纯性肾囊肿发生，但合理的膳食结构以及避免剧烈运动可以避免已经形成的囊肿发生破裂出血等严重并发症。日常要注意忌憋尿，淋浴洗澡需注意外阴部卫生，尽量避免导尿及其他尿路器械检查。可积极控制高血压、糖尿病等加重因素。注意休息，并且定期监测尿常规、肾功能、血压等情况，避免具有肾脏毒性药物的服用。