对早期可疑肝小静脉闭塞症病例，应及时停止接触、摄取和应用肝毒性物质。在急性期采用支持治疗、抗凝治疗、对症治疗、防治感染等综合治疗方案，慢性期可采取经颈静脉肝内门体分流术，缓解门静脉高压，对肝衰竭患者可酌情行原位肝移植术。
一、药物治疗
1、特异性治疗：早期应给予抗纤维蛋白溶解剂以促进纤维蛋白的降解，伴或不伴抗凝治疗，但发生严重出血时应避免使用。去纤维蛋白多核苷酸是一种具有抗纤维蛋白溶解和抗栓活性的多聚脱氧核苷酸，可减少白细胞滚动和与内皮的黏附，降低凝血因子的产生和循环中PAI (血浆纤溶酶原激活抑制剂)的水平。
2、抗凝治疗：当患者出现肝小静脉闭塞症时，应该防止患者血栓形成，可选用低分子肝素或酌情选用华法林。
3、抗生素治疗：当患者出现合并感染的情况，出现红、肿、热、痛等感染症状时应该应用抗生素抗感染治疗。
4、保肝治疗：患者常常会存在转氨酶异常，提示肝损伤较严重，可以适当的服用保肝药物进行治疗，常用药物有谷氨酰胺、N-乙酰半胱氨酸。
二、手术治疗
1、经颈静脉肝内门体分流术：有助于解除充血肝窦的压力，减轻门脉高压和预防肝小静脉闭塞症患者发生肾衰竭。严重肝小静脉闭塞症已发生多器官衰竭者，一般不建议做经颈静脉肝内门体分流术。
2、肝移植：可作为对药物治疗无反应的干细胞移植后肝小静脉闭塞症患者的抢救性治疗。恶性肿瘤和多器官衰竭的存在是肝移植的禁忌症，对肝移植本身之后发生的肝小静脉闭塞症，由于肝脏是唯一损伤器官，可再次行肝移植作为抢救性治疗。
三、其他治疗
1、有条件者给予高压氧治疗，对重症患者更有裨益。它能促使消除循环系统中的低氧血症，减轻肝脏水肿，改善全身能量代谢过程，尤其是肝细胞线粒体的再生过程。
2、部分患者需要对症治疗，如通过限制钠的摄入、利尿剂和腹腔穿刺术来治疗腹水。严重的患者常需纠正凝血素乱、脏器衰竭和预防感染，并通过清除肠道感染来避免细菌的异位。