新生儿甲状腺功能减退，无论是原发性的还是继发性的，均需要甲状腺激素替代治疗。甲状腺激素是一种常用药物，治疗越早，对新生儿的影响越小，也就是生后一个月之内开始治疗，将来新生儿的智商可以达到正常，如果三个月之后才开始治疗，也就是治疗越晚，智力障碍越严重。
在治疗的过程中，要定期地复查甲状腺功能，根据血清的T4和TSH来调整剂量，一般从小剂量开始，逐渐增加剂量，直到调整剂量到T4和TSH达到正常为止。如果是甲状腺功能减退，治疗的疗程相对来说比较长，大概要在三年左右，所以在整个治疗过程中要及时地复查甲状腺的功能，特殊情况下如果是非暂时性的甲低，可能需要终身甲状腺激素的替代治疗。