钩端螺旋体病的主要传染源是鼠和猪类，其中鼠类中的黑线姬鼠是引起稻田型钩体病的主要传染源，其尿液中的钩体排到稻田中，农民在收割水稻时容易感染。而猪由于与人密切接触，其尿液中也含有大量的钩体，而且猪的排菌期很长，因此可以污染水源，猪圈潮湿多水，泥土和积水中也存在大量的钩体，其它常见的引起传染的动物还有犬和牛类。
而钩端螺旋体病患者虽然尿液中也可排菌，但由于人尿为酸性，并不适宜钩体的生长。此外，隐性感染者也可能排菌，但是其排菌率不高，因此人作为传染源的可能性很小。