较大范围的颅骨缺损，患者因大气压使局部头皮下陷，可能会导致颅内压的不平衡，脑组织移位，以及大脑半球脑血流量的减少和脑脊液循环紊乱，直立时脑组织的塌陷，卧位时脑组织膨出，久之会造成局部脑组织萎缩，加重了脑废损，从而引起一系列的临床症状。主要表现为头痛、眩晕、易激惹、癫痫等，无其他原因可解释的不适感和其他各种精神障碍，这就是颅骨缺损常见的后遗症。