二价宫颈癌疫苗是预防HPV16型和HPV18型的感染，其主要的副作用有注射部位的疼痛、红肿、局部发热、头疼，或者疲倦、恶心，或者肌肉的酸痛和关节的疼痛。另外有的人出现了注射的胳膊疼痛，有时胃疼等，这些反应一般持续3—5天就会自然恢复。也有的极少数的人会发生严重的不良反应，如出现消化道的症状以及呼吸道的症状，腹痛、腹泻、呼吸困难，以及晕厥的表现。
所以在注射以后，应该在注射位置要静坐半小时，如果没有明显不适时再离开。研究发现，还有严重的副作用如静脉栓塞，所以不良反应罕见，二价疫苗基本上比较安全、有效。打宫颈癌疫苗前必须做宫颈癌的筛查，了解宫颈上皮是否有病变，阴性时才可以打宫颈癌疫苗。