肝囊肿的患病原因主要与以下多种因素有关：
1、先天发育异常，在胚胎发育过程中可能会因为受到致病因素的作用，导致胎儿胆管系统发育异常，而引起囊性病变。
2、肝脏外伤，肝组织发生轻微的外伤，在愈合过程中没有能够完全恢复到正常的结构，在肝脏中形成囊性病变。
3、肝脏炎症性病变，当各种致病菌感染到肝脏，引起肝脏发生炎症性疾病，如果在修复过程中细胞没有完全恢复正常，也会形成囊性病变。
4、寄生虫病，包虫感染到肝脏引起肝包虫病时，做影像学检查的时候，会发现肝脏组织中有囊性病变，但是其囊腔内会有强光点漂浮。