外科治疗是肛瘘主要的治疗方法，或主体的治疗方法。由于形成病理性的管道，所以要进行切开，归根来说，肛瘘按照分类，比如分为低位肛瘘和高位肛瘘，低位肛瘘以切开、切除为主要治疗方法；高位肛瘘一般而言，中医学上或在中医上以切开挂线疗法为主，旷置疗法为辅，在治疗方面会用一些中医中药来促进创面的愈合。