传染性软疣最经典的治疗是挤疣治疗，即用碘伏消毒局部，伴用镊子把表面夹破，然后挤出里头的内容物及软疣小体即可。传染性软疣有传染性，所以避免搔抓刺激。还有就是有一个疣体尽量夹除一个，夹破以后挤出疣体，为了避免局部的感染可以外用消炎药膏，如百多邦、呋西地酸等。
不停的夹和挤、刮疣，软疣越来越少，总有一天会消失，还可通过抵抗力的上调，软疣也可以自行消失，6-9个月可以自行消失。此外还可以采取冷冻、微波、激光等方法来去除软疣小体，软疣有传染性，所以建议患者避免与他人共用物品，避免去公共场所，要注意卫生，经过合理治疗软疣可以治愈。