颅内囊肿引起头疼的原因有两个：一个是它足够形成占位效应，也就是囊肿足够大，对周围的神经结构、脑膜有影响，出现压迫症状，出现头疼；另一个是囊肿足够小，但是它生长的部位特殊，在三脑室正中孔到中脑导水管等脑脊液循环通路很狭小的部位出现了囊肿，会出现脑脊液循环的障碍，早期就出现头疼、高颅压的症状，需要尽早处理。